Kalitro - Esta es una de las situaciones que más cutres me parece. Hay muchas historias (sobre todo en videojuegos) en las que el malo pretende hacer una transformación que le hará invencible o poderosísimo y no dejan de repetirte que si llegan a hacer eso será el fin. Y aunque se transforme, al final los heroes se limitan a darle de yoyas sin plan alguno y ganan.

John_Wheel - Un villano no tiene nada que hacer contra las leyes de la narrativa, el héroe vencerá por difícil que parezca o inofensivo que sea. Pero si no te pasas con ello haciendo que se pierda la suspensión de la incredulidad, mejor que mejor.

Fadri - Luuuukeee...
Utiliza... ¡un tenedor!
(Tiene gracia porque ya lo han dicho en los comentarios, que por algún motivo estaban antes de que saliera mi mensaje)

Willy_Galleta - Todos sabemos que el bueno va a ganar. Tienes tres opciones para evitar ser predecible:
1) Hacer que el bueno gane, pero de una forma lo suficientemente interesante y creíble (o épica) como para que no importe que sea una victoria por "ser el bueno".
2) Que no haya buenos ni malos. Si la historia es lo suficientemente gris y dudosa, da igual quien gane. La historia la escriben los buenos, porque son los únicos que sobreviven.
3) El bueno pierde. Cuidado. Te arriesgas a un gran rechazo por parte de los lectores si el bueno les caía bien.

Y luego hay otras opciones como que el bueno empiece siendo malo y se transforme, que no haya peleas a muerte o que haya equipos de gente que se repartan las ganancias y pérdidas de forma que se mantiene un cierto equilibrio kármico, pero para eso antes hace falta una muy buena idea de base.

Y luego hay cosas como Reservoir Dogs.

Y luego, Shakespeare.